目前，位于康巴什康巴什新区的市蒙医研究所、鄂尔多斯市疾控预防控制中心等19个医疗机构为市级定点医疗机构，康巴什医院等41个医疗机构为旗区级定点医疗机构，乡镇级定点医疗机构109个。

为做好全市新型农村牧区合作医疗市级统筹工作，切实维护参合农牧民利益，更好地为广大农牧民提供优质的医疗服务，进一步明确各医疗机构的职责义务，更大程度解决农牧民“看病贵、看病难”问题，2012年8月22日，鄂尔多斯市卫生局下发《关于核准确定鄂尔多斯市新型农村牧区合作医疗定点医疗机构的通知》（鄂卫发〔2012〕534号）文件，核准确定鄂尔多斯市169家医疗机构为新型农村合作医疗定点医疗机构。其中鄂尔多斯市蒙医研究所、鄂尔多斯市疾控预防控制中心等19个医疗机构为市级定点医疗机构，康巴什医院等41个医疗机构为旗区级定点医疗机构，乡镇级定点医疗机构109个。

市级新农合定点医疗机构、旗区级（包括乡镇级）公立新农合定点医疗机构在全市范围内进行报销；旗区级民营新农合定点医疗机构只限在本旗范围内进行报销。

康巴什医院是鄂尔多斯市旗区级定点医疗机构。康巴什新区卫生和人口计划生育局加强对定点医疗机构的考核管理，建立定点医疗机构准入和退出机制，每年按照管理权限进行年度考核。2012年9月，康巴什新区卫生和人口计划生育局与康巴什医院签订协议，要求定点医疗机构严格执行新型农村牧区合作医疗相关政策法规和《鄂尔多斯市新型农村牧区合作医疗定点医疗机构医疗服务协议》有关内容，上缴保证金30000元。协议书一年一签。年度考核不合格要进行整改，仍不合格，取消定点医疗机构资格。

2013年6月至7月，康巴什新区对对康巴什医院的项目进行整改完成，HIS系统已安装，8月正常运行，实现即时结报。康巴什医院设有新农合窗口，在康巴什新区卫生局的领导下，各项体制日臻完善。

2013年6月，康巴什新区卫生局已核准哈巴格希社区卫生服务中心为康巴什新区乡镇级定点医疗机构。目前，哈巴格希社区卫生服务中心正在完善各项运行机制，已经安装了HIS系统并与康巴什新区新农合系统成功对接，开始正常运行，实现即时结报。这样，康巴什新区的农民在自己的家门口看病，即时报销，方便快捷。