截至2024年1月，鄂尔多斯国际机场运营航线43条，通达城市：北京、杭州、呼和浩特、成都、天津、郑州、深圳、广州、三亚、上海、太原、昆明、武汉、西安、南昌、南京、珠海、哈尔滨、银川、济南、西宁、青岛、兰州、连云港、宁波、桂林、徐州、石家庄、邯郸、温州、济宁、厦门、长沙、合肥、长春、沈阳、海口、博鳌、重庆、锡林浩特、赤峰、延安、贵阳、乌兰浩特、通辽、曼谷共计46个通航城市。鄂尔多斯国际机场共有11家航空公司参与运营，分别为国航、南航、东航、一二三航空、联航、华夏航、川航、天骄航空、天航、内蒙古通航、顺丰航空。