库布其沙漠东端延伸准格尔旗境内约900平方公里，占全旗总土地面积的11.7%，主要分布在我旗十二连城乡、布尔陶亥苏木、大路镇三个苏木乡镇，库布其沙漠在我旗南部为构造台地，中部为风成沙丘，北部为河漫滩地，形态以沙丘链和格状沙丘为主。1999年，准格尔旗在全区率先制定出台了“禁牧令”，为库布其沙漠项目的实施、成果的保护提供了有力保障。从2000年国家实施生态重点工程以来，我旗紧紧抓住国家实施西部大开发战略和国家林业重点工程全面实施的历史机遇，以“建设绿色大旗”为奋斗目标，累计投入2.5亿元开展了大规模的生态建设，实施了天保工程飞播、封育、日元贷款风沙治理、三北防护林建设、京津风沙源治理以及水保流域治理等项目，治理面积达90万亩，其中飞播45万亩，封育10.5万亩，日元贷款风沙治理27万亩，使准格尔旗境内的库布其沙漠森林资源稳步增长，生态状况明显改善。通过各项林业、水保治理项目的实施，不仅有效控制库布其沙漠区域水土流失，而且将泥沙就地拦蓄利用，增加了有效灌溉面积，项目区土地利用率由治理前的17%提高到现在的55%以上，植被盖度增加到50%。增加降水有效利用量5193.66万立方米，流域内坡面工程减少水土流失634.93万吨，可有效拦蓄泥沙2.07亿吨，拦蓄效益达到70%以上，达到了既减少了入黄泥沙，又减轻了洪水灾害的目的。同时，依托库布其沙漠独特景观和区位优势，打造了黑圪涝湾旅游度假村、小滩子农家乐等沿河观光产业。建成了库布其沙漠神泉景区、鄂尔多斯水镜湖、内蒙古漠菇生物科技有限公司3家企业，年收入16.36亿元，安置就业1300余人。