目前，康巴什新区共有铁路线路4条，分别是包西铁路、东乌铁路、呼准鄂铁路和东乌至包西联络线，均为过境铁路。其中，康巴什新区境内建成运营铁路2条，分别是包西铁路新区段和东乌铁路新区段。包西铁路是集客运和货运为一体的铁路专线，在康巴什新区过境里程为10.5公里，属于电气化双线无缝铁路。目前动车运行情况良好，主要通往呼市、包头及沿途主要地区，极大地缓解了呼包鄂三地道路交通运行压力，丰富了鄂尔多斯居民的出行方式。东乌铁路是主要以货运为主的铁路专线，在康巴什新区过境里程为14.25公里，属于单线电气化铁路，主要承载鄂尔多斯与周边地区的煤炭、化工产品等物资的货运任务。

  康巴什新区境内现有在建铁路项目2项，分别是呼准鄂铁路新区段和东乌至包西联络线新区段。其中，呼准鄂铁路项目康巴什新区过境里程为2公里。项目设计征地162亩，拆迁房屋4403平米，目前已完成整体工程量的90%，康巴什新区境内工程正在进行格德尔盖三社电力分区所的修建和三社北侧铁路隧道的修建，工程进度稳步推进，整体工程预计明年年初完工，是自治区成立70周年的献礼工程。东乌至包西联络线项目新区过境里程为8公里。项目投资估算为3.89亿元，设计在康巴什新区境内永久征地817.2亩，拆迁房屋836平米，目前已完成工程量的95%，预计年内完成。