“十二五”期间，杭锦旗共建立自治区级自然保护区3个，总面积129548.64公顷，占全旗国土面积的6.8%。包括森林生态系统类型、湿地生态系统类型、野生植物类型共三种类型的自然保护区。实施杭锦淖尔自然保护区国家湿地项目，建设总投资1729万元。全面加强对库布其沙漠柠条锦鸡儿自然保护区种源基地稀缺地块的补植补播力度，累计完成补植面积3万亩。实行了24小时值班与日报告疫情制度，全面加强了陆生野生动物疫源疫病的监测。不断加大自然保护区森林防火工作宣传力度，增强全民防火意识，确保全年保护区内无火灾发生。认真开展森林病虫害的测报，加强对管辖区内森林病虫害的监测与防治工作，有效的控制了病虫害的蔓延。 

一是自然保护区基础设施日臻完善。呼和木独管理站250平方米、独贵特拉管理站250平方米、综合办公楼及配套用房900平方米、生态定位监测点用房100平方米、湿地鸟类监测站用房200平方米、宣教点用房200平方米、管护点用房6处420平方米，防火瞭望塔3座已全面建成；委托旗政府采购中心完成车辆、电脑、GPS、扫描仪、传真机、摄像机等部分设备的采购，累计完成投资1123万元。

二是全民自然保护意识不断增强。加强自然保护和生态环境保护，是当今世界的热点问题，自然保护区成立以来，广泛深入地开展保护自然环境的宣传教育活动，累计发放宣传材料2万余份，在各级媒体发表文章360余篇，全面增强了全社会和全民的自然保护意识，为建设自然保护区创造了一个良好的社会环境。

三是自然保护区核心区实现“无人区”取得新突破。结合全旗“三区”发展规划及农村牧区人口转移实施办法，白音恩格尔自然保护区、库存其沙漠柠条锦鸡儿自然保护区核心区内的常住人口全部迁出。为自然保护区建设和管理工作奠定了坚实基础。

四是积极研究濒危物种，开展各项合作。每年组织人员采集蒙古扁桃、沙冬青、四合木、霸王等濒危植物种子，并开展了培育和移栽试验，取得了初步成功，为研究濒危植物的生活习性及生长规律奠定了良好的基础。与内蒙古农业大学共同申报建设的内蒙古杭锦荒漠生态系统定位观测研究站获得国家林业局批复，同时与该大学就濒危植物育种试验达成合作共识。