目前，准格尔旗运营铁路主要有大准铁路、呼准铁路、准东铁路、巴准铁路、沿河铁路、呼准鄂铁路、准朔铁路等11条铁路干线，酸刺沟煤矿铁路专用线、大准铁路点南支线（点岱沟至南坪）、不连沟铁路专用线、大路煤化工基地铁路专用线等4条专用线，运营集运站有点岱沟集运站、唐公塔集运站、南坪集运站、官牛埧集运站、肖家集运站、准格尔召集运站、暖水集运站、西营子集运站、虎石集运站、公沟集运站等10个集运站。全旗境内铁路通车里程达670公里，铁路外运能力达5.8亿吨，铁路集运能力达2.3亿吨。

在建铁路项目有红进塔集运站、青春塔煤矿铁路专用线、罐子沟集运站等3个。拟建铁路项目有四道柳集运站、暖水物流园铁路专用线、龙王渠集运站、中铁五字湾铁路专用线、大院东集运站、国能龙口煤炭集运站、沙圪堵物流园铁路专用线、恒东乌龙素集运站、万创五字湾集运站、三道渠集运站、乾元五字湾煤炭集运站、塔拉壕煤矿铁路专用线、准东—东乌铁路联络线、明望达红进塔集运站等14个。

按照鄂尔多斯市“三横四纵”铁路主骨架的规划思路，到2020年，准格尔旗基本形成“三横一纵”铁路网和区域集疏运系统，以国铁、地方铁路、神华集团铁路为基础，与厂、矿、园区铁路专用线、集运站协调发展，形成产、集、运、疏的区域铁路网络，预计铁路总里程达到800公里，年货物外运能力达到5.8亿吨，铁路集运能力达3亿吨，将完全满足煤炭、大宗货物的运输需求。